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Für die Fluoreszenzmikroskopie gibt es in der Routinediagnostik und in der Forschung auf dem Gebiet der Mikrobiologie vielfältige Anwendungsmöglichkeiten. Dabei werden sowohl die Autofluoreszenz, die direkte Anfärbbarkeit mit Fluorochromen als auch die Bindung fluorochrommarkierter Antikörper zur Darstellung und Differenzierung von Mikroorganismen ausgenutzt. Der niedrige Aufwand bei der Objektpräparation wie auch der geringe Zeitbedarf bei der Testdurchführung im Verhältnis zu äquivalenten Verfahren erbringen Vorteile für diese Methoden beim Einsatz als Screeningsteste. In letzter Zeit sind wesentliche Fortschritte zu verzeichnen bei der Methodik und der Gerätetechnik, die der Fluoreszenzmikroskopie weitere Einsatzmöglichkeiten eröffnen. Die deutlich gesteigerte Intensität der Anregung bei den neuen Fluoreszenzmikroskopen erfordert eine Selektion fluoreszensarmer Objektgläser, eine Hemmung des gesteigerten Ausbleichens einiger Fluorochrome durch einen Zusatz von PPD zum Einbettungsmedium und eine selektive Anpassung der Filterkombinationen an die Absorptions- und Fluoreszenzcharakteristiken der Fluorochrome. Steigende Bedeutung erfahren in der Praxis Mehrfachfluorochromierungen und Kombinationen mit optisch-physikalischen Kontrastverfahren.